Геннадий Петрович Малахов родился 20 сентября 1954 года, в городе Каменске-Шахтинском Ростовской области. В 1988 году закончил Центральный Ордена Ленина Институт Физической Культуры г. Москвы.

По рассказам самого Малахова, к идее здорового образа жизни он пришёл, когда при попытке завязать со спортом перенёс тяжелейшее заболевание гланд. Геннадий попытался справиться с болезнью посредством самолечения и для этого обратился к некому Юрию Павловичу, практикующему йогу, который сумел методикой «правильного» дыхания поднять себя на ноги. Позднее Малахов познакомился с писателем Владимиром Черкасовым, который дал ему книги Поля Брега, Шелтона.

В 1986-м Малахов организовал свой клуб «Бодрость», в котором рассказывал, как чистить печень и правильно питаться. Народу приходило много. Занимались йогой, гимнастикой, немного у-шу.

В середине 90-х годов вышли первые книги Малахова – «Целительные силы» 1 и 2 тома.

Женат, имеет двоих детей.